Le programme de restauration hydraulique et écologique du Rhône est né d'une volonté partagée par les élus locaux, les gestionnaires du fleuve et l'État de retrouver un fleuve vif et courant. D'une ampleur exceptionnelle à l'échelle internationale, cette restauration est engagée depuis plus de 15 ans sur le fleuve avec la restauration d'une cinquantaine de lônes. Différents types de travaux sont menés pour améliorer l'état écologique du fleuve, notamment dans le cadre du Plan Rhône : l'augmentation des débits réservés, la restauration des lônes, la restauration des axes de migration piscicoles et depuis peu l'élargissement du fleuve par le démantèlement partiel des marges.

La dénomination « zones humides » recouvrent de multiples milieux naturels d'étendues et de formes diverses, qui ont comme point commun la présence d'eau, permanente ou temporaire, visible ou invisible : marais de plaine, tourbières, milieux alluviaux, étangs et bords de lacs, etc. Elles constituent des milieux naturels essentiels, pour leurs fonctions hydrauliques (régulation de crues et soutien d'étiage), biologiques (richesse en espèces rares et sensibles), hydro-biologiques (participation à l'épuration des eaux), ou socio-économiques (usage agricole, espace de découverte, paysage).

La mise en cohérence des trames vertes et bleues constitue l'un des axes majeurs du volet Qualité des eaux, ressource et biodiversité du Plan Rhône-Saône. Cet axe recouvre différents objectifs, dont notamment la préservation et la restauration des fonctionnalités des zones humides et des milieux remarquables inféodés au Rhône et à la Saône.

Ce projet labellisé Plan Rhône a été financé par  les Régions Auvergne-Rhône-Alpes, Provence-Alpes-Côte d'Azur et Occitanie, l'Agence de l'eau Rhône Méditerranée Corse et CNR.