La gouvernance du Plan Rhône-Saône définit les orientations stratégiques et les principaux objectifs, organise la concertation et la cohérence des décisions entre les partenaires. Elle vérifie que les objectifs sont atteints, les évalue et, au besoin, réoriente les actions. Elle est chargée d'en assurer la communication.

Le Plan Rhône-Saône est piloté par le Comité directeur (CODIR), instance politique stratégique et décisionnelle, et à ce titre composé des partenaires signataires du Contrat de Plan interrégional État-Régions (CPIER) :

• l'État : la préfecture de la région Auvergne-Rhône-Alpes, coordinatrice de bassin et les établissements publics : Agence de l’eau Rhône-Méditerranée Corse et Voies navigables de France ;
• les Conseils régionaux des quatre régions traversées par le Rhône et ses affluents : Auvergne-Rhône-Alpes, Provence-Alpes-Côte-d'Azur, Occitanie et Bourgogne-Franche-Comté ;
• le Président du Comité de bassin Rhône Méditerranée ;
• CNR ;
• EDF.

Le secrétariat technique, instance d’animation du Contrat de Plan interrégional État-Régions (CPIER) Rhône-Saône, qui rassemble les coordonnateurs des partenaires signataires du contrat de plan et les responsables de thématiques d'intervention (ou volet). Il est animé par la Préfecture de la Région Auvergne-Rhône-Alpes (secrétariat général pour les affaires régionales - SGAR). Il veille à la bonne coordination des différents thématiques d'intervention (ou volet) entre eux afin de garantir la cohérence d’ensemble. Il prépare les travaux du Comité directeur. Il est une instance d’échanges et de décision sur son périmètre de compétence sur tous les sujets concernant le Contrat de Plan interrégional État-Régions (CPIER) Rhône-Saône.